サイト管理者、あるいはドメイン管理者を一度一般ユーザーに変更し、再度戻すことで自動的に_cgidataフォルダが作成されます。
_cgidata内に保存されていた提供CGIの設定ファイル等は復旧されませんので、新規に設定が必要となります。